利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)的方法挖掘偃松种子萌发过程关键基因

• 作者: 丛日征 于宏影 崔嵘 王思瑶 闫晓娜
• 来源期刊: 温带林业研究
• 关键词: 偃松 加权基因共表达网络分析 种子萌发 核心基因
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 39-46
• 页数: 8页
• 分类号: S722+1+9
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2096-4900.2019.01.007

摘要

[目的]挖掘偃松种子萌发过程关键基因,为揭示偃松种子难于萌发的生理学和遗传学机制提供理论依据,并为进一步进行偃松资源开发利用提供技术保障.[方法]利用偃松种子萌发RNA-Seq数据,通过加权基因共表达网络分析的方法构建网络.[结果]进一步将该网络划分为4个模块,并寻找到2个特异性模块,分别为brown模块和turquoise模块.对两个模块进行GO富集分析和KEGG通路分析,发现二者均在代谢过程和细胞过程等生物学过程中发挥主要作用,其主要的细胞组分为细胞、细胞器和膜等,并均在催化反应、连接和运输中起显著作用;相比于turquoise模块,brown模块中基因信息处理过程所占比重有所提升,而相比于brown模块,turquoise模块在代谢过程中所占比重较大.利用cytoscape软件绘图,筛选特异性模块中的核心基因,并利用在线blast对其功能进行预测,其中brown模块的核心基因可能参与了ABA信号转导和固氮等过程;turquoise模块的核心基因可能参与了苯丙氨酸代谢途径、萜烯合成、果胶酶降解以及植物抗逆反应等.[结论]找到36个潜在的与偃松种子萌发相关的核心基因,其中brown模块基因为15个,turquoise模块基因为21个,但基因的具体功能有待于进一步的生物学验证.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	于宏影	中国林业科学研究院寒温带林业研究中心	5	6	2.0	2.0
2	丛日征	中国林业科学研究院寒温带林业研究中心	3	6	2.0	2.0
3	王思瑶		3	1	1.0	1.0
4	闫晓娜		6	2	1.0	1.0
5	崔嵘		2	1	1.0	1.0