杨树HSP90基因的克隆及生物信息学分析

• 作者: 冯宇倩 孟繁丽 理永霞 陈军
• 来源期刊: 温带林业研究
• 关键词: 毛白杨 HSP90基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 25-30
• 页数: 6页
• 分类号: S792.117
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2096-4900.2019.03.005

摘要

[目的]为了揭示热激蛋白90(Heat shock protein 90,HSP90)基因在杨树抗溃疡病中的功能,克隆获得毛白杨HSP90基因的全长序列,以期明确HSP90基因的表达与溃疡病菌侵染间的关系.[方法]采用RT-PCR技术和Gateway克隆的方法,获得了毛白杨的HSP90基因序列,并利用相关软件对该基因编码的蛋白的理化性质、疏水性、结构域、功能及亚细胞定位等进行了生物信息学分析.[结果]毛白杨的HSP90基因序列(NCBI登录号:AGU99972.1)全长为2 100 bp,其中A+T占52.90%,C+G占47.10%,共编码699个氨基酸.毛白杨HSP90基因的生物信息学分析结果显示,该基因编码的蛋白相对分子质量为80.08 kDa,理论等电点为4.96.毛白杨HSP90蛋白主要位于细胞核和细胞质膜中,且在N端含有1个基因保守结构域HATPase_c,可与ATP结合,具有内源ATPase活性,属于HSP90家族,为亲水性蛋白,可能具有离子通道的功能.同时,对毛白杨的HSP90基因进行系统进化分析,发现毛白杨的HSP90基因与毛果杨(gi 539331543)、大豆(gi 358248990和gi 356552478)的亲缘关系较近,而与毛果杨(gi 224124864)的亲缘关系相对较远,说明同一物种的HSP90进化可能有所不同.[结论]首次从毛白杨中成功克隆得到与抗溃疡病相关的HSP90基因,并对其序列和生物学信息进行了分析,为下一步研究HSP90基因在杨树抗溃疡病中的功能奠定基础,也为进一步研究HSP90基因在杨树抗逆胁迫中的生理功能提供了理论支持.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	理永霞	中国林业科学研究院林业新技术研究所	10	52	5.0	7.0
3	孟繁丽	中国林业科学研究院林业新技术研究所	2	6	1.0	2.0
7	冯宇倩	中国林业科学研究院林业新技术研究所	3	1	1.0	1.0