巨枝叶绿体基因组密码子偏好性分析

• 作者: 吴双成 张照远 杨利平 王华宇 王鹏良 陈乃明
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 生物学
• 关键词: 巨桉 叶绿体 基因组 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 植物遗传育种与分子生物学
• 页码范围: 1583-1592
• 页数: 10页
• 分类号: Q945.4
• 字数: 4532字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201810027

摘要

该文针对巨桉叶绿体基因组序列,选取其中长于300 nt且以AUG为起始密码子的43个非重复基因作为研究对象,采用CodonW1.4.2软件分析巨桉叶绿体基因组的密码子使用偏好性.结果 表明:第3位密码子的平均GC含量为27.97％;ENC的变化范围为39.49～61.00,平均为47.04;RSCU＞1的密码子有31个,其中29个以A/U结尾;中性分析显示,GC12与GC3无显著相关;回归分析未达到显著性水平;ENC-plot分析发现,大部分基因落在曲线上或附近;对应分析表明第1轴的贡献率为17.68％,第2轴的贡献率为11.49％,第3轴、第4轴的贡献率分别为8.00％和5.76％,前4轴累计贡献率达42.93％,第1轴与GC、ENC、CAI达到极显著相关.上述分析结果表明,巨桉叶绿体基因组的密码子偏好较弱,密码子第3位偏好以A或U结尾,选择和突变在巨桉叶绿体基因组密码子偏好中起相对均衡的作用,最终确定UUG、CUU、GUU、UCC、UCA、ACA、UAU、UAA、CAU、AAU、AGA和GGA 12个高频高表达密码子为最优密码子.这为转化叶绿体基因密码子优化,提高表达效率和改良巨桉目标性状奠定了坚实基础.