两个糙皮侧耳菌株的比较基因组学研究

• 作者: 曲积彬 王丽宁 赵梦然 邬向丽 黄晨阳
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 比较分析 遗传变异 GO富集分析 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 2133-2143
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.190237

摘要

随着糙皮侧耳基因组测序的完成,基因组数据的深入挖掘和利用成为研究重点.本研究基于较高质量的糙皮侧耳CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1基因组图谱,开展了种内比较基因组学分析.CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1的11条染色体序列表现出良好的共线性,且分别含有89.92％和91.68％的保守基因.对菌株特有基因的GO富集分析表明,两菌株各自分化出一些独特的调控方式或途径.CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1之间共存在931 542个单核苷酸多态性位点,231 654个插入/缺失和9 221个结构变异.对与遗传变异重叠基因的GO富集分析表明,碳水化合物降解、物质运输/催化和调控/蛋白活性相关的基因分别容易发生SNP、In/Del和SV变异.CCMSSC00389-1中50.326kb缺失序列的断点两侧含有双链断裂修复(DSB)信号,推测DSB介导50.326kb序列的缺失.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	曲积彬	中国农业科学院农业资源与农业区	3	204	2.0	3.0