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恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究
恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究
作者:
吴林慧
孙琦
张凯丽
李新云
王荔茹
谢胜松
赵书红
马云龙
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
恩施黑猪
亲缘系数
近交系数
连锁不平衡
有效群体大小
选择信号
摘要:
旨在调查恩施黑猪基因组群体遗传学参数与选择信号.本研究利用Porcine 80K SNP芯片,通过计算亲缘系数、近交系数、连锁不平衡程度与有效群体大小等群体遗传学层面的参数评估恩施黑猪种群结构关系,运用CLR和iHS方法检测恩施黑猪基因组选择信号,并通过生物信息学分析揭示其潜在受选择基因.亲缘系数计算发现,咸丰县恩施黑猪个体间平均亲缘系数为0.12;近交系数计算表明,16%的样本近交系数大于0.125,存在明显近交累积.此外,本研究构建了恩施黑猪全基因组连锁不平衡图谱;利用连锁不平衡信息,恩施黑猪估计历史有效群体大小呈现逐代下降趋势,其中5世代前有效群体大小约为25头.基于CLR方法共检测到126个显著选择信号候选区域,总长约为51.6 Mb,占基因组总长的2.1%.利用iHS方法,共发现248个显著选择信号候选区域,长度约为78.78 Mb,约占基因组总长的3.2%.富集分析表明,与选择信号区域重叠的LPAR2、NDUFA13、MEF2B、AHR基因分别与胴体长度(滴水损失)、精子形成、骨骼肌分化和总产仔数相关.研究表明,现存恩施黑猪群体血统较窄,近交累积严重,有效群体大小较小,并呈现继续缩小的趋势.选择信号分析揭示的一系列潜在受选择基因能够为未来恩施黑猪的遗传改良提供一定的参考依据.
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文献信息
篇名
恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究
来源期刊
畜牧兽医学报
学科
农学
关键词
恩施黑猪
亲缘系数
近交系数
连锁不平衡
有效群体大小
选择信号
年,卷(期)
2019,(3)
所属期刊栏目
遗传育种
研究方向
页码范围
485-494
页数
10页
分类号
S828.2
字数
7134字
语种
中文
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2019.03.003
五维指标
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有效群体大小
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研究来源
研究分支
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相关学者/机构
期刊影响力
畜牧兽医学报
主办单位:
中国畜牧兽医学会
出版周期:
月刊
ISSN:
0366-6964
CN:
11-1985/S
开本:
大16开
出版地:
北京海淀区圆明园西路2号
邮发代号:
82-453
创刊时间:
1956
语种:
chi
出版文献量(篇)
5501
总下载数(次)
6
总被引数(次)
62883
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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