液相色谱-高分辨质谱结合蛋白质组学技术分析曲妥珠单抗耐药胃癌细胞的转录因子

• 作者: 刘文虎 常晋霞 张帆 汪宜
• 来源期刊: 分析化学
• 关键词: 曲妥珠单抗 耐药性 转录因子结合序列串联多拷贝双联DNA结合元件 Pulldown 蛋白质组学
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1035-1044
• 页数: 10页
• 字数: 6899字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19756/j.issn.0253-3820.191093

摘要

采用基于液相色谱-高分辨质谱的转录因子结合序列串联多拷贝双联DNA结合元件(Concatenated tandem array of transcription factor response elements,catTFRE)Pull down蛋白质组学技术,研究了曲妥珠单抗耐药胃癌细胞的转录因子及其调控作用.以合成的串联转录因子结合序列DNA片段为亲和试剂,用生物素标记,作为"DNA诱饵",通过Pull down富集后,采用液相色谱-高分辨质谱检测捕获的转录因子,基于强度定量法(Intensity based absolute quantification,iBAQ)定量,筛选出与DNA结合活性显著变化的转录因子.利用WebGestalt(2017)数据库对激活转录因子调控的信号通路、家族分类、调控网络及转录因子-靶基因(TFs-targets)进行分析.结果表明,359个转录因子被定量检测,与亲本细胞相比,61个转录因子在曲妥珠单抗耐药胃癌细胞中与DNA结合活性显著变化,其中结合活性增强48个,活性降低13个.激活转录因子属于bZIP、bHLH、homebox、HMG box、Zine finger等家族.KEGG通路富集显示,癌症、MAPK、Wnt、TGF-β、凋亡等多条通路在耐药细胞中显著改变.TFs-targets分析表明,TCF7L2、TCF7、FOXC1、JUN、CYC、FOS、ELK4、NFκB2、DDIT3和ATF2在上皮-间质转化(Epithelial-mesenchymal transformation,EMT)、Wnt、MAPK信号通路促使胃癌曲妥珠单抗耐药过程中发挥重要调控作用,提示靶向这些转录因子所调控的信号通路可能是逆转胃癌曲妥珠单抗耐药的重要途径.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	常晋霞	川北医学院基础医学院	26	56	4.0	6.0
2	张帆	川北医学院药学院	20	23	3.0	4.0
3	刘文虎	国家蛋白质科学中心蛋白质组学国家重点实验室	19	74	4.0	8.0
5	汪宜	国家蛋白质科学中心蛋白质组学国家重点实验室	1	0	0.0	0.0