基于频率的Read Mapping种子选择算法

• 作者: 于长永 祁实 赵宇海 马海涛
• 来源期刊: 东北大学学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: 种子频率 读取映射 平均种子 频率合并 最优种子
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 信息与控制
• 页码范围: 609-613
• 页数: 5页
• 分类号: TP311.31
• 字数: 4274字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12068/j.issn.1005-3026.2019.05.001

摘要

选择具有最低频率的最优种子是一个复杂的计算问题,往往需要很长时间.提出了一种read的基于频率的合并种子选择算法(FMSS),该算法能够高效地选择接近最优的种子集合,可用于改善现有映射工具的性能.实验对比了平均种子选择方法和当前最优的种子选择策略(OSS,optimal seed solver),结果显示FMSS算法能够用很少的时间代价给出接近OSS的最优种子集合,这表明FMSS算法可集成到现有映射工具中用于处理更大规模的read mapping问题.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	于长永	东北大学计算机科学与工程学院	18	57	4.0	7.0
2	赵宇海	东北大学计算机科学与工程学院	30	40	4.0	5.0
3	马海涛	东北大学计算机科学与工程学院	14	55	3.0	7.0
4	祁实	东北大学计算机科学与工程学院	1	0	0.0	0.0