偃松内参基因PpEF-1α的生物信息学分析

• 作者: 丛日征 于宏影 周鑫 王思瑶 闫晓娜
• 来源期刊: 温带林业研究
• 关键词: 偃松 EF-1α基因 内参基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 47-53
• 页数: 7页
• 分类号: S722.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2096-4900.2019.04.008

摘要

[目的]寻找偃松种子萌发过程的内参基因,为研究偃松种子萌发过程提供必要的分子生物学基础,丰富偃松基因资源.[方法]利用偃松种子萌发RNA-Seq数据和Genbank数据库对比筛选偃松EF-1α基因,通过生物信息网站及软件对其进行生物信息学分析.[结果]得到一条偃松EF-1α基因,命名为PpEF-1α.该基因具有完整的开放读码框(ORF),ORF长1 344??bp,编码447个氨基酸,其氨基酸序列与挪威云杉EF-1α氨基酸序列(GenBankID:CAC27139.1)相似度最高,可达97.46%. PpEF-1α基因存在一个PTZ00141超家族位点.该基因编码的蛋白为亲水性稳定蛋白,具有α螺旋、延伸链以及无规则卷曲二级结构.根据实验室前期转录组分析结果显示,PpEF-1α基因在此过程中稳定表达.[结论]找到偃松种子萌发过程中的一个内参基因PpEF-1α,但其表达趋势有待于进一步的实验验证.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周鑫		4	3	1.0	1.0
2	闫晓娜	中国林业科学研究院寒温带林业研究中心	6	9	2.0	2.0
3	于宏影	中国林业科学研究院寒温带林业研究中心	5	6	2.0	2.0
4	王思瑶		3	1	1.0	1.0
5	丛日征		4	1	1.0	1.0