结核分枝杆菌Rv1385的抗原表位预测分析

• 作者: 冯永红 杨光红 王洁 秦莲花 雷依丽 高霄 黄劲
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: 结核分枝杆菌 生物信息学 Rv1385 抗原性
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 161-166
• 页数: 6页
• 分类号: R378.91+1
• 字数: 3170字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/j.issn.1672-5565.201812003

摘要

结核分枝杆菌生长缓慢,难以获得足量的天然蛋白抗原.而利用基因工程技术制备重组蛋白抗原,存在着表达量低、不易纯化,以及特异性较低等不利因素.随着生物信息技术的发展,研究者可根据生物信息学软件预测,选择合成优势抗原肽段,而不需克隆整个蛋白,具有简便、经济、特异性高等特点.因此,本研究应用生物信息学方法,预测结核分枝杆菌Rv1385蛋白的抗原表位并分析其优势表位,对了解Rv1385蛋白的免疫学特性及其与结核分枝杆菌致病的关系具有重要意义.首先,从NCBI数据库下载Rv1385的氨基酸序列,然后采用生物信息学软件PSIPRED Server预测蛋白质二级结构;BepiPred 1.0 Server和ABCpred预测该蛋白的B细胞抗原表位;BIMAS、SYFPEITHI及NetCTLpan 1.1 Server预测该蛋白的CTL表位;SYF-PEITHI和NetMHCIIpan 3.2 Server预测该蛋白的Th细胞表位.最后综合分析预测结核分枝杆菌Rv1385的优势候选抗原表位.结果显示,Rv1385蛋白二级结构中,α螺旋占51.8％,β折叠占41.6％,无规卷曲占6.6％;共有4个B细胞抗原位点,位于109～124、152～169、178～192、198～209氨基酸区段;3个CTL表位,位于263～271、87～95、240～248氨基酸区段;5个Th表位,位于77～91、87～101、234～247、70～84、46～60氨基酸区段.生物信息学分析显示Rv1385含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位,为该蛋白抗原表位的进一步研究及应用奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冯永红	同济大学医学院附属上海市肺科医院上海市结核病重点实验室	8	44	4.0	6.0
2	王洁	同济大学医学院附属上海市肺科医院上海市结核病重点实验室	29	196	9.0	13.0
3	杨光红	贵州医科大学公共卫生学院	20	7	2.0	2.0
4	黄劲	贵州医科大学环境污染与疾病监控教育部重点实验室	5	1	1.0	1.0
8	高霄	贵州医科大学基础医学院	2	0	0.0	0.0
9	雷依丽	贵州医科大学基础医学院	2	0	0.0	0.0