Alu家族在4种旧世界猴基因组中的特征

• 作者: 余浩洋 孙天琳 张雪艳 李静 蔡延森 邱实
• 来源期刊: 四川动物
• 学科: 生物学
• 关键词: 旧世界猴 转座子 Alu家族 多态性Alu位点 物种特有的Alu位点
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 基础资料
• 页码范围: 638-645
• 页数: 8页
• 分类号: Q959.848|Q349+.55
• 字数: 5117字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11984/j.issn.1000-7083.20190159

摘要

为了揭示转座子对旧世界猴基因组多样性和进化的影响,基于Repbase数据库和RepeatMasker比较了4种旧世界猴——东非狒狒Papio anubis、猕猴Macaca mulatta、绿猴Chlorocebus sabaeus和长鼻猴Nasalis larvatus基因组中转座子的特征,重点关注Alu家族的组成、插入/缺失多态性Alu位点和物种特有Alu插入.结果 显示,4个基因组中短散在重复序列拷贝数最丰富,平均分歧率最小,其中灵长目Primates特有的Alu逆转座子的拷贝数超过了100万个(长鼻猴除外).4个基因组中转座子的基本组成和分布与它们的进化关系相吻合,东非狒狒和猕猴的转座子特征相似,二者与绿猴、长鼻猴有较大差异.通过基因组的两两比较,鉴定了大量在4个基因组间具有插入/缺失多态性的Alu位点,以及7 882个各物种特有的Alu位点,95％以上的物种特有位点都属于AluY家族.研究结果揭示了Alu的转座活动对于旧世界猴动物基因组的进化及多样性具有重要影响.