利用WGCNA进行棉花果枝节间伸长相关基因共表达模块鉴定

• 作者: 刘瑞华 刘绍东 巨飞燕 庞朝友 张小萌 张思平 张永江 沈倩 葛常伟 赵新华 陈静 马慧娟
• 来源期刊: 棉花学报
• 关键词: 加权基因共表达网络分析 棉花 节间伸长 转录组
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 403-413
• 页数: 11页
• 字数: 6533字
• 语种: 中文

摘要

[目的]旨在进行棉花果枝节间伸长相关基因的共表达模块鉴定,研究基因整体表达规律,挖掘目标基因及候选基因.[方法]以两个株型结构差异显著的棉花品种(新陆中77和鲁棉研28)的18份不同长度果枝节间样本的转录组数据作为分析对象,通过权重基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)进行模块的划分,根据模块功能富集分析及基因表达模式进行特异性模块的筛选及枢纽基因的鉴定,利用Cytoscape_3.3.0进行加权基因共表达网络图的绘制.[结果]利用34 559个有效基因创建了共表达网络,划分为13个共表达模块,筛选得到Cyan模块为与棉花果枝节间伸长相关的特异性模块,并发现植物激素信号转导通路中的JAZ(Jasmonate-zim-domain protein)基因为该模块的枢纽基因,挖掘到80个潜在的候选基因,并用其构建了基因互作调控网络.[结论]JAZ类基因在抑制棉花果枝节间伸长生长过程中发挥着重要的作用,本研究结果可为棉花果枝节间伸长的调控机理研究提供数据支持,为进一步调控棉花株型结构奠定理论基础.