基于de Bruijn图的基因组索引结构设计

• 作者: 国宏哲 王亚东
• 来源期刊: 智能计算机与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 基因组 索引 序列映射 deBruijn图
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 学术研究与应用
• 页码范围: 1-5,13
• 页数: 6页
• 分类号: TP391.2
• 字数: 5174字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-2163.2019.01.001

摘要

随着高通量测序技术的快速发展和测序成本的逐渐降低,个体基因组测序已成为研究不同物种的基因型、变异情况和相关疾病的重要手段.然而,由于基因组上的大量重复序列和高变异区域,日益增大的测序数据量以及测序技术的局限等因素,如何准确且快速地将大量测序数据比对到参考基因组面临巨大挑战.阐述基于哈希思想的基因组数据的存储和索引方法.本文说明基于seed-and-extension思想的基本比对思路.本文提出一个基于de Bruijn图模型的索引结构DBG-index以及该索引的3层结构数据存储方式.分析该索引结构的特性并提出种子的基本操作方法.该索引结构利用图模型特性可以有效组织基因组上的重复序列,从而在整体上减少了候选种子数量并极大提高了比对速度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王亚东	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	92	1036	16.0	29.0
2	国宏哲	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	2	6	1.0	2.0