犏牛雄性不育相关lncRNA的鉴定与分析

• 作者: 李键 杨显英 熊显荣 王斌 王艳 阿果约达 韩杰
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牦牛 犏牛 雄性不育 转录组 lncRNA
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 生物技术与繁殖
• 页码范围: 551-561
• 页数: 11页
• 分类号: S823.8+5.2
• 字数: 6983字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2019.03.010

摘要

旨在分析成年健康牦牛和犏牛(3～4岁)睾丸组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,从而探究lncRNA与犏牛雄性不育机制的关联性,为解释犏牛雄性不育的机理提供理论依据.采集成年(3～4岁)健康牦牛、犏牛各3头的睾丸组织,构建cDNA文库后进行高通量测序,筛选出差异的lncRNA,通过对差异显著的lncRNA与mRNA位置关系以及结合能的判定预测顺式作用(cis)和反式作用(tran)的靶基因,并进行GO、KEGG功能分析.结果表明,共得到牦牛和犏牛候选lncRNA转录本分别为20 363和24 133个,两个文库筛选出6 178个显著差异lncRNA,其中有2 470个在犏牛睾丸组织与牦牛比较上调,3 708个下调.筛选得到差异显著lncRNA的候选靶基因2 676个,这些基因参与58个功能分类,共涉及306条通路;其中主要富集的通路包括轴突指导、内吞、Hedgehog等信号通路.综上表明,部分lncRNA介导的靶基因PTGDS、IGF2、MEST、GLIS3、NOTCH2、HOXA10、HOXA 11与犏牛雄性不育相关,lncRNA在犏牛的生殖发育中对其雄性不育具有重要的调控作用.利用RNA-Seq技术筛选出成年牦牛和犏牛睾丸组织lncRNA,并进行差异分析,为探讨犏牛雄性不育的机制提供更完善的转录组数据.