丁香假单胞菌变种Pto(AvrB)胁迫下大豆叶片转录组分析

• 作者: 刘志诚 刘思岑 张镇川 张雄 徐鲁荣 耿雪青
• 来源期刊: 大豆科学
• 关键词: 大豆 丁香假单胞杆菌 Pto(AvrB) RNA-seq 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 879-888
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11861/j.issn.1000-9841.2019.06.0879

摘要

AvrB是丁香假单胞杆菌大豆致病变种分泌的Ⅲ型效应蛋白因子之一,为研究携带异源效应蛋白AvrB的丁香假单胞菌番茄致病变种Pto(AvrB)侵染大豆后的基因转录变化情况,以大豆Williams 82为试验材料,采用RNA-seq技术对不同菌株处理的大豆叶片进行基因表达谱差异分析,探索大豆非寄主病原菌Pseudomonas syringae pv.tomato携带的异源效应蛋白AvrB是否可以增加非寄主病原菌的致病性.结果 显示:共得到43 422个序列信息,不同处理间共有序列为37 611个,其中Pto (AvrB)处理组的序列信息最多.根据GO功能分析可以将基因根据功能分为分子功能、细胞成分和生物学过程3类,其差异表达基因涉及信息传递、免疫、次生代谢等过程.KEGG通路富集分析表明,差异表达基因主要富集在植物激素信号转导、异黄酮生物合成、苯丙氨酸代谢、植物-病原体相互作用等通路中.在RT-PCR检测中发现4个随机挑选的差异表达基因的表达量与RNA-Seq的变化趋势一致,说明RNA-Seq的结果可靠.研究结果有助于阐明Ⅲ型效应蛋白因子促进病原菌致病效应的机理,从而为分析AvrB在病原菌与大豆互作过程中的毒性功能研究和培育抗病大豆品种提供依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张雄	上海交通大学农业与生物学院	6	39	3.0	6.0
2	刘志诚	上海交通大学农业与生物学院	19	174	6.0	13.0
3	徐鲁荣	上海交通大学农业与生物学院	3	40	2.0	3.0
4	耿雪青	上海交通大学农业与生物学院	2	6	1.0	2.0
5	刘思岑	上海交通大学农业与生物学院	1	0	0.0	0.0
6	张镇川	上海交通大学农业与生物学院	1	0	0.0	0.0