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摘要:
目的 通过多重置换扩增技术(multiple displacement amplification,MDA)与宏基因组鸟枪法测序相结合的方法研究胃癌患者和健康受试者胃内微生物的组成特征.方法 纳入2017年9月—2017年12月在医院就诊的胃腺癌患者4例,健康受试者4例,收集受试者胃液标本,经过标本预处理、DNA提取、MDA扩增提取的DNA、构建测序文库、高通量测序和生物信息学分析,研究2组受试者胃内微生物的组成特征,寻找与胃癌显著相关的菌种,并评估该方法用于胃内微生物宏基因组学研究的可行性.结果 MDA能显著扩增从胃液样本中提取的微量微生物DNA(207.27±33.17)倍,扩增后的DNA量能满足构建高质量测序文库的要求;总体上看,所有样本共鉴定出131个菌种,胃癌患者胃内菌群多样性显著低于健康受试者(P<0.01,t=4.189);在细菌门水平,受试者胃液菌群主要由变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门组成;优势物种的组间差异分析表明,与健康受试者相比,牙髓卟啉单胞菌、口腔链球菌、干燥奈瑟菌在胃癌患者胃液中富集(P<0.05).结论 MDA能有效用于扩增胃内微量微生物DNA;胃癌患者的胃液菌群构成与健康人存在显著差异;部分口腔及上呼吸道条件致病菌与胃癌显著相关,是潜在的胃癌生物学标志物;通过全基因组扩增和高通量测序相结合的方法可以从菌种甚至菌株的水平上寻找与胃癌发生、发展相关的微生物.
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文献信息
篇名 基于多重置换扩增技术的胃癌患者胃内微生物的宏基因组学研究
来源期刊 转化医学杂志 学科 医学
关键词 胃腺癌 多重置换扩增 高通量测序 胃内微生物群 宏基因组学
年,卷(期) 2019,(3) 所属期刊栏目 临床研究
研究方向 页码范围 149-152,161
页数 5页 分类号 R349.6|R735.2
字数 3828字 语种 中文
DOI 10.3969/j.issn.2095-3097.2019.03.005
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 黄云 中国人民解放军总医院第六医学中心普通外科 13 6 1.0 2.0
2 张炎 中国人民解放军总医院第六医学中心普通外科 11 3 1.0 1.0
3 张朝军 中国人民解放军总医院第六医学中心普通外科 7 4 1.0 1.0
4 胡远亮 陆军军医大学研究生院 1 0 0.0 0.0
5 程乃嘉 北京大学生命科学院 1 0 0.0 0.0
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研究主题发展历程
节点文献
胃腺癌
多重置换扩增
高通量测序
胃内微生物群
宏基因组学
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
转化医学杂志
双月刊
2095-3097
10-1042/R
大16开
北京市海淀区阜成路6号
1988
chi
出版文献量(篇)
938
总下载数(次)
2
总被引数(次)
2219
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
论文1v1指导