长臂缨鲆核糖体RNA基因序列多态性特征分析

• 作者: 孔晓瑜 时伟 杨敏 龚理
• 来源期刊: 热带海洋学报
• 关键词: 核糖体RNA基因 长臂缨鲆 多态性 假基因 非协同进化 重组
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 海洋生物学
• 页码范围: 55-66
• 页数: 12页
• 分类号: P735
• 语种: 中文
• DOI: 10.11978/2018038

摘要

为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombus kobensis (Jordan & Starks, 1906) 核糖体RNA基因的序列多态性特征, 本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列.经序列比对、聚类分析以及重组检测, 结果显示5.8S (158bp) 无长度变异, 而其他4个基因片段则表现出较高的长度多态性, 并可分为不同序列类型: 18S (1856~1893 bp) 有4种序列类型A、B、C和R; 28S (967~974bp) 和ITS1 (407~505bp) 均有3种类型A、B和R; ITS2 (423~447 bp)存在2种类型A和B.此外5个基因片段在碱基组成中均表现出GC偏倚, 并且ITS2 (71.14%)＞ITS1 (65.37%)＞28S (62.22%)＞5.8S (57.67%)＞18S (54.95%).对具有不同序列类型的18S、28S 和 ITS 进行真、假基因推断时, 通常的判别特征不足以提供有力依据, 因此增加了与 4 种鲆科近缘鱼类长冠羊舌鲆Arnoglossus macrolophus、青缨鲆Crossorhombus azureus、大鳞短额鲆Engyprosopon grandisquama以及冠毛鲆Lophonectes gallus相应基因片段的比对.各基因片段的插入/缺失以及特异性碱基差异位点比对结果显示: 18S和28S的短序列类型A与4种鲆科鱼类序列一致, 而其他序列类型则不同; ITS1序列类型A与4种鲆科鱼类在类型B的缺失位点均无缺失, 因此推测18S、28S和ITS1的A类型为真基因, 而其他类型为假基因.ITS2的A和B类型在差异位点上与4个鲆科鱼类不存在一致性, 没有足够的依据对两个类型做出真、假基因的推断.长臂缨鲆核糖体RNA基因中, 5.8S序列最为保守遵循协同进化的方式, 而其他4个基因片段为非协同进化的方式.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨敏	中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室中国科学院南海海洋研究所	237	4741	38.0	57.0
5	孔晓瑜	中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室中国科学院南海海洋研究所	9	50	4.0	7.0
6	时伟	中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室中国科学院南海海洋研究所	4	28	2.0	4.0