基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析

• 作者: 周剑光 孟玮 张林 杨天燕 蒋艳琳
• 来源期刊: 淡水渔业
• 学科: 农学
• 关键词: 江鳕(Lota lota) 转录组 RNA-seq SSR 位点信息
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 页码范围: 10-14
• 页数: 5页
• 分类号: S917.4
• 字数: 3404字
• 语种: 中文

摘要

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、 系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记.结果显示:通过聚类、 从头组装和拼接,获得Unigene共计106084条.所有的Unigene中,共识别17619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10893条,占总Unigene的10.27％.江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在.其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7102个),占总SSR位点数的40.31％.江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2788个位点,占总SSR位点的15.82％.江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24％.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蒋艳琳	浙江海洋大学水产学院	4	0	0.0	0.0
2	杨天燕	浙江海洋大学水产学院	13	7	2.0	2.0