基于表达谱分析陆地棉DUF642基因家族抗逆功能

• 作者: 孟成生 张艳 李志坤 杨君 王国宁 王省芬 解美霞 马峙英
• 来源期刊: 棉花学报
• 关键词: 陆地棉 DUF642基因家族 生物信息学分析 逆境胁迫抗性 表达分析
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 493-504
• 页数: 12页
• 字数: 5316字
• 语种: 中文

摘要

[目的]DUF642(Domain of unknown function 642 genes)是1个未知功能基因家族,在植物逆境胁迫响应中发挥重要作用.本研究旨在分析其在棉花抗逆反应中的功能.[方法]基于陆地棉基因组数据,系统地鉴定DUF642基因家族.利用生物信息学方法分析基因结构、理化性质、亚细胞定位、亲缘关系、启动子顺式作用元件等.应用转录组数据和实时定量聚合酶链式反应技术分析该家族基因在不同组织和多种逆境(冷、热、干旱、盐和黄萎病菌)胁迫下的表达规律.[结果]陆地棉基因组中包含23个DUF642基因,分布于14条染色体和1条Scaffold;编码的蛋白含有1～2个保守的DUF642结构域,多定位在细胞膜.DUF642家族基因可分成4个亚组,在进化上相对保守.DUF642基因具有较为广泛的组织表达类型,其中根和叶中表达较高.通过启动子和胁迫表达分析,推测GhDUF642-09参与棉花抗盐胁迫;GhDUF642-08和GhDUF642-19参与棉花抗黄萎病;GhDUF642-02、GhDUF642-14和GhDUF642-17参与棉花生长发育和抗逆胁迫.[结论]本研究结果为进一步研究DUF642基因家族功能和棉花抗逆分子机制提供了重要的理论依据.