塔里木马鹿维生素D受体(VDR)基因结构和功能的预测与分析

• 作者: 伊拉木江·托合塔洪 佐日古丽·伊斯马伊力 塔依尔江·麦麦提 布威海丽且姆·阿巴拜科日 苏比奴尔·艾力 阿迪力·艾合麦提 马合木提·哈力克
• 来源期刊: 动物学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 塔里木马鹿 VDR基因 实时荧光定量PCR 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 693-700
• 页数: 8页
• 分类号: Q786
• 语种: 中文
• DOI: 10.13859/j.cjz.201905010

摘要

为了分析塔里木马鹿(Cervus elaphus yarkandensis)维生素D受体(VDR)基因的结构和相关功能,本研究从前期研究获得的塔里木马鹿和天山马鹿(C.e.songaricus)皮肤组织转录组测序结果中,获得上调表达的塔里木马鹿VDR基因的序列,对塔里木马鹿VDR基因进行实时荧光定量PCR (qPCR)验证,利用相关软件进行同源性比对、系统进化树构建和生物信息学分析.实时荧光定量PCR结果显示,VDR基因在转录组测序的结果与qPCR的结果中表达趋势一致,均为上调.基于VDR基因同源性比对结果显示,塔里木马鹿与白尾鹿(Odocoileus virginianus,GenBank登录号XM 020889235.1)的遗传距离较近,同源性最高;与褐家鼠(Rattus norvegicus,GenBank登录号NM 017058.1)的遗传距离较远,同源性最低.系统进化树也证实了这个结果.生物信息学分析结果表明,塔里木马鹿VDR蛋白由20种氨基酸组成,分子质量为32.92ku,理论等电点为5.73,不稳定系数为33.56,总平均亲水性为-0.298,脂溶系数94.95,无跨膜区,无信号肽,无O-糖基化位点,有1个N-糖基化位点,有15个磷酸化位点,最有可能位于内质网膜中,二级结构和三级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,有3个低复杂度区域,无保守结构区域.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马合木提·哈力克	新疆大学生命科学与技术学院	91	533	11.0	15.0
2	阿迪力·艾合麦提	新疆大学生命科学与技术学院	3	2	1.0	1.0
3	布威海丽且姆·阿巴拜科日	新疆大学生命科学与技术学院	8	12	2.0	3.0
7	伊拉木江·托合塔洪	新疆大学生命科学与技术学院	3	2	1.0	1.0
8	苏比奴尔·艾力	新疆大学生命科学与技术学院	6	5	1.0	2.0
9	塔依尔江·麦麦提	新疆大学生命科学与技术学院	5	5	1.0	2.0
10	佐日古丽·伊斯马伊力	新疆大学生命科学与技术学院	4	4	1.0	2.0