猩红热链球菌高通量测序基因组DNA提取方法研究

• 作者: 李周明 李柏生 罗琳 连宪强 麦炳恩 黄剑塘
• 来源期刊: 华南预防医学
• 学科: 医学
• 关键词: 猩红热 链球菌属 DNA
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 82-84,90
• 页数: 4页
• 分类号: R437
• 语种: 中文
• DOI: 10.13217/j.scjpm.2019.0082

摘要

目的 通过改进猩红热链球菌样本前处理方法,提高提取猩红热链球菌基因组DNA的质量,为高通量测序奠定基础.方法 采用3种不同的样本前处理方法(方法1为试剂盒推荐法、方法2为加溶菌酶和RNase法、方法3为改良的核酸提取法)提取猩红热链球菌基因组DNA,并对提取的基因组DNA分别进行浓度、纯度以及完整度检测,并进行高通量测序分析.结果 方法1提取的3株分离株的基因组DNA浓度分别为2.08、1.02和2.24 ng/μL,A260/A280比值为2.200 ～ 2.300,A260/A230比值为0.612 ～ 0.823;方法2提取的3株分离株的基因组DNA浓度分别为4.04、4.46、4.12 ng/μL,A260/A280比值为1.862 ～ 1.952,A260/A230比值为1.922～2.150;方法3提取的3株分离株的基因组DNA浓度分别为58.60、50.00、62.60 ng/μL,A260/A280比值为1.802～1.832,A260/A230比值为2.440～2.531.琼脂糖凝胶电泳分析结果显示,仅方法3的电泳条带比较完整,且亮度较亮;以方法3提取的宏基因组DNA作为模板,可以得到高质量的高通量测序结果.结论 不同的猩红热链球菌样本前处理方法会影响基因组DNA的纯度、浓度和产量,改良的猩红热链球菌样本前处理方法可以为后续的高通量测序提供高质量的模板.