基于转录组金银花AP2基因家族的生物信息学及表达分析

• 作者: 乔永刚 宋芸 崔芬芬 曹亚萍 王勇飞 陈亮
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 金银花 AP2转录因子 基因鉴定 表达分析
• 年，卷（期）: 2019,（9）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1698-1706
• 页数: 9页
• 字数: 4636字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2019.09.1698

摘要

为研究金银花AP2转录因子参与低温的应答机制,本研究基于低温下金银花转录组测序数据,利用在线生物信息学工具对金银花AP2转录因子的理化性质、亚细胞定位、磷酸化位点、蛋白基序以及进化分析进行鉴定和分析;利用实时荧光定量PCR检测3个DREB基因和1个RAV基因在低温胁迫下的表达情况.结果 表明,在金银花中共筛选了34个AP2转录因子,不同转录因子之间的理化性质存在差异,表明其在不同的微环境中发挥不同的功能;亚细胞定位结果显示,仅有2个AP2定位于叶绿体,其余均定位于细胞核,符合其作为转录因子调控下游基因的表达特性;所有AP2的磷酸化位点均依次表现为丝氨酸＞苏氨酸＞酪氨酸;根据AP2中所含有的AP2数量以及序列同源性,可将34个AP2分为四个大类,20个AP2属于ERF亚家族,3个属于DREB亚家族,RAV亚家族仅有1个,其余10个属于AP2亚家族.实时荧光定量PCR检测结果表明,DREB和RAV基因均能响应低温胁迫,且不同低温处理时间的不同组织的表达量存在差异.本研究为阐明金银花AP2转录因子响应低温胁迫的机制奠定了一定的理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈亮	山西农业大学生命科学学院	26	31	3.0	4.0
2	宋芸	山西农业大学生命科学学院	53	237	8.0	14.0
3	乔永刚	山西农业大学生命科学学院	70	341	9.0	16.0
4	曹亚萍	山西农业大学生命科学学院	17	9	2.0	2.0
5	王勇飞	山西农业大学生命科学学院	13	7	2.0	2.0
6	崔芬芬	山西农业大学生命科学学院	13	22	3.0	4.0