葡萄Trihelix转录因子家族生物信息及其基因表达分析

• 作者: 乔亚丽 何红红 卢世雄 吴玉霞 梁国平 毛娟 王萍 陈佰鸿 马宗桓
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 葡萄 非生物胁迫 基因家族 生物信息学分析 基因表达芯片 qRT-PCR
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1257-1269
• 页数: 13页
• 分类号: S663.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0885

摘要

利用生物信息学分析、预测葡萄Trihelix转录因子家族基因的特性与功能,为葡萄抗逆基因的挖掘和利用提供理论依据.以‘红地球’葡萄(Vitis vinifera)试管苗为试验材料,对葡萄Trihelix转录因子家族进行理化性质、染色体定位、二级结构预测、亚细胞定位、基因结构分析、motif以及基因芯片表达分析,并利用qRT-PCR技术分析该家族基因在400 mmol·L-1 NaCl、100 mmol·L-1 ABA和10％ PEG逆境下的表达情况.结果 表明,该转录因子家族在葡萄基因组中总共有27个成员,分布于11条染色体上,其中有10个成员集中分布在第14号和17号染色体上;氨基酸残基为175～880个,大多数具有疏水性.亚细胞定位分析表明,该基因家族主要存在于细胞核中.结构域分析显示,同一亚家族蛋白保守域结构高度相似.基因芯片表达结果显示,非生物胁迫下,叶片中Vv Trihelix6在PEG处理24 h后与对照相比呈显著上调趋势,当用NaCl处理4h和24 h后,与叶片对照相比有下调表达趋势;用ABA处理果实3d后,该基因在果实中呈下调表达,处理10 d后变化不明显.叶片中Vv Trihelix19转录因子经PEG、NaCl和冷胁迫处理24 h后明显下调;果实用ABA处理3d和10d后均有明显下调趋势.qRT-PCR分析表明该转录因子家族所有基因对逆境胁迫具有响应作用,但是,不同成员在不同逆境胁迫下的响应程度存在一定的差异.转录因子VvTrihelix6在400 mmol·L-1 NaCl和100 mmol·L-1 ABA处理下表达量极显著高于对照,分别是对照的15倍和8倍;Vv Trihelix19只在10％ PEG胁迫处理后呈显著上调表达.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈佰鸿	甘肃农业大学园艺学院	128	886	13.0	25.0
2	毛娟	甘肃农业大学园艺学院	91	429	10.0	18.0
3	马宗桓	甘肃农业大学园艺学院	28	47	4.0	5.0
4	吴玉霞	甘肃农业大学园艺学院	31	126	7.0	9.0
5	王萍	甘肃农业大学园艺学院	22	26	3.0	4.0
6	何红红	甘肃农业大学园艺学院	12	6	2.0	2.0
7	梁国平	甘肃农业大学园艺学院	13	7	2.0	2.0
8	卢世雄	甘肃农业大学园艺学院	10	4	1.0	1.0
9	乔亚丽	甘肃农业大学园艺学院	1	1	1.0	1.0