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基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计
基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计
作者:
宋琪
郭宪光
陈达丽
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
南疆沙蜥
基因组
微卫星
分布
引物序列
摘要:
南疆沙蜥Phrynocephalus forsythii是我国特有的一种小型爬行动物,分布于塔里木盆地.利用Roche 454 GS FLX高通量测序对该物种基因组测序,获得了55 909条高质量序列.利用Krait搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共得到1~6个碱基重复类型的完美型微卫星12 109个.不同类型微卫星中,四碱基重复类型数目最多,有4 037个,约占总数的33.34%,其次是二碱基,约占总数的28.09%,再是三碱基、单碱基、五碱基和六碱基,分别约占总数的18.72%、13.91%、4.48%和1.46%.单碱基微卫星中C最多,二碱基微卫星中AC最多,三碱基、四碱基、五碱基和六碱基中最多的分别是AAC、AAAT、AAAAT和AACCCT.AC、AAAT、C、AG、A、AAC、AAT、AAAC、ACC和ACG是数量最多的10种重复拷贝类别.挑选部分三、四碱基重复类型的微卫星序列设计了100对可用于后续对南疆沙蜥微卫星标记开发的候选引物.本研究开启了对南疆沙蜥基因组微卫星特征的了解,为利用微卫星标记研究南疆沙蜥种群遗传结构奠定了基础.
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文献信息
篇名
基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计
来源期刊
四川动物
学科
医学
关键词
南疆沙蜥
基因组
微卫星
分布
引物序列
年,卷(期)
2019,(5)
所属期刊栏目
研究报告
研究方向
页码范围
512-520
页数
9页
分类号
Q959.6|R857.3
字数
3987字
语种
中文
DOI
10.11984/j.issn.1000-7083.20190010
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
宋琪
中国科学院成都生物研究所
17
55
5.0
7.0
5
郭宪光
中国科学院成都生物研究所
16
100
5.0
9.0
6
陈达丽
四川大学华西基础医学与法医学院
13
46
5.0
6.0
传播情况
被引次数趋势
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引文网络
引文网络
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共引文献
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参考文献
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节点文献
南疆沙蜥
基因组
微卫星
分布
引物序列
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研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
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期刊影响力
四川动物
主办单位:
四川省动物学会
四川省野生动植物保护协会
四川大学
成都大熊猫繁育研究基金会
出版周期:
双月刊
ISSN:
1000-7083
CN:
51-1193/Q
开本:
大16开
出版地:
成都市望江路29号四川大学生命科学学院内
邮发代号:
创刊时间:
1981
语种:
chi
出版文献量(篇)
4190
总下载数(次)
12
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