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摘要:
南疆沙蜥Phrynocephalus forsythii是我国特有的一种小型爬行动物,分布于塔里木盆地.利用Roche 454 GS FLX高通量测序对该物种基因组测序,获得了55 909条高质量序列.利用Krait搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共得到1~6个碱基重复类型的完美型微卫星12 109个.不同类型微卫星中,四碱基重复类型数目最多,有4 037个,约占总数的33.34%,其次是二碱基,约占总数的28.09%,再是三碱基、单碱基、五碱基和六碱基,分别约占总数的18.72%、13.91%、4.48%和1.46%.单碱基微卫星中C最多,二碱基微卫星中AC最多,三碱基、四碱基、五碱基和六碱基中最多的分别是AAC、AAAT、AAAAT和AACCCT.AC、AAAT、C、AG、A、AAC、AAT、AAAC、ACC和ACG是数量最多的10种重复拷贝类别.挑选部分三、四碱基重复类型的微卫星序列设计了100对可用于后续对南疆沙蜥微卫星标记开发的候选引物.本研究开启了对南疆沙蜥基因组微卫星特征的了解,为利用微卫星标记研究南疆沙蜥种群遗传结构奠定了基础.
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文献信息
篇名 基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计
来源期刊 四川动物 学科 医学
关键词 南疆沙蜥 基因组 微卫星 分布 引物序列
年,卷(期) 2019,(5) 所属期刊栏目 研究报告
研究方向 页码范围 512-520
页数 9页 分类号 Q959.6|R857.3
字数 3987字 语种 中文
DOI 10.11984/j.issn.1000-7083.20190010
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 宋琪 中国科学院成都生物研究所 17 55 5.0 7.0
5 郭宪光 中国科学院成都生物研究所 16 100 5.0 9.0
6 陈达丽 四川大学华西基础医学与法医学院 13 46 5.0 6.0
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节点文献
南疆沙蜥
基因组
微卫星
分布
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研究来源
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研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
四川动物
双月刊
1000-7083
51-1193/Q
大16开
成都市望江路29号四川大学生命科学学院内
1981
chi
出版文献量(篇)
4190
总下载数(次)
12
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