基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计

• 作者: 宋琪 郭宪光 陈达丽
• 来源期刊: 四川动物
• 学科: 医学
• 关键词: 南疆沙蜥 基因组 微卫星 分布 引物序列
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 512-520
• 页数: 9页
• 分类号: Q959.6|R857.3
• 字数: 3987字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11984/j.issn.1000-7083.20190010

摘要

南疆沙蜥Phrynocephalus forsythii是我国特有的一种小型爬行动物,分布于塔里木盆地.利用Roche 454 GS FLX高通量测序对该物种基因组测序,获得了55 909条高质量序列.利用Krait搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共得到1～6个碱基重复类型的完美型微卫星12 109个.不同类型微卫星中,四碱基重复类型数目最多,有4 037个,约占总数的33.34％,其次是二碱基,约占总数的28.09％,再是三碱基、单碱基、五碱基和六碱基,分别约占总数的18.72％、13.91％、4.48％和1.46％.单碱基微卫星中C最多,二碱基微卫星中AC最多,三碱基、四碱基、五碱基和六碱基中最多的分别是AAC、AAAT、AAAAT和AACCCT.AC、AAAT、C、AG、A、AAC、AAT、AAAC、ACC和ACG是数量最多的10种重复拷贝类别.挑选部分三、四碱基重复类型的微卫星序列设计了100对可用于后续对南疆沙蜥微卫星标记开发的候选引物.本研究开启了对南疆沙蜥基因组微卫星特征的了解,为利用微卫星标记研究南疆沙蜥种群遗传结构奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	宋琪	中国科学院成都生物研究所	17	55	5.0	7.0
5	郭宪光	中国科学院成都生物研究所	16	100	5.0	9.0
6	陈达丽	四川大学华西基础医学与法医学院	13	46	5.0	6.0