拟环纹豹蛛响应温度胁迫SNP位点挖掘及其功能注释分析

• 作者: 刘靖 孙良玉 王祥银 肖榕
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 拟环纹豹蛛 温度胁迫 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2019,（z1）
• 所属期刊栏目: 资源环境·植物保护
• 页码范围: 331-339
• 页数: 9页
• 分类号: S81
• 字数: 6321字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.20190554

摘要

单核苷酸多态性(SNP)是基因组中普遍存在的遗传变异,是一种重要的遗传标记.为了解拟环纹豹蛛转录组中响应温度胁迫的SNP候选位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能注释,主要采用SOAPsnp软件对拟环纹豹蛛在不同温度胁迫条件下的转录组测序结果进行SNP检测,并把SNP所在基因SNP-Unigenes比对到GO、COG、KEGG数据库,获得SNP-Unigenes的注释及参与的功能情况.结果表明:拟环纹豹蛛转录组SNP位点分布在7421条SNP-Unigenes上,共存在402910个SNP位点,SNP发生频率为1/301 bp;功能注释分类揭示拟环纹豹蛛在低温胁迫和高温胁迫条件下,SNP-Unigenes主要参与蛋白质转运、核糖体代谢、氧化磷酸化和氨基酸代谢功能,从而补偿热应力下蛋白质的损伤,加快拟环纹豹蛛对温度变化的适应.综上,筛选到拟环纹豹蛛响应温度胁迫相关的SNP位点或SNP-Unigenes,为将来深入研究拟环纹豹蛛响应温度胁迫的分子机制提供基础数据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王祥银	贵州大学农学院贵州省山地农业病虫害重点实验室	1	0	0.0	0.0
2	孙良玉	贵州大学农学院贵州省山地农业病虫害重点实验室	1	0	0.0	0.0
3	刘靖	贵州大学农学院贵州省山地农业病虫害重点实验室	1	0	0.0	0.0
4	肖榕	贵州大学农学院贵州省山地农业病虫害重点实验室	5	5	1.0	2.0