龙眼体胚发生过程中RNA甲基化相关基因全基因组鉴定及表达分析

• 作者: 张梓浩 徐小萍 林玉玲 王静宇 申序 赖钟雄 陈晓慧
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 龙眼 RNA甲基化相关基因 龙眼体胚发生早期 生物信息学分析 表达分析
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 热带植物基因组学与基因编辑专题
• 页码范围: 1902-1913
• 页数: 12页
• 分类号: S667.2
• 字数: 9289字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2019.10.003

摘要

为了解龙眼RNA甲基化相关基因的生物学功能,本研究基于基因组和转录组数据,采用生物信息学分析方法,进行龙眼基因组RNA甲基化相关基因成员鉴定,蛋白结构域及特性分析,分子进化树分析,体胚发生过程和组织器官基因表达水平分析以及ABA处理下的定量表达分析.结果显示:龙眼中有7个参与RNA甲基化过程中的关键基因,包括5个RNA甲基转移酶基因和2个去RNA甲基化酶基因;各成员内含子数量差别较大,为4～28个不等;进化树分析显示,龙眼RNA甲基转移酶和去甲基化酶蛋白与甜橙亲缘关系最近;蛋白结构域分析显示,RNA甲基化相关酶具有保守的蛋白结构域;龙眼RNA甲基化相关基因启动子区域中主要含有光响应功能元件、激素响应功能元件、胁迫响应功能元件和分生组织表达响应元件,推测RNA甲基化相关基因可能对植物的生长发育和适应不良环境有一定调节作用;RNA甲基化相关基因部分成员在龙眼体胚不同发生阶段和不同组织器官中的表达有明显区别,推测龙眼RNA甲基化相关基因可能参与不同体胚发育阶段和组织器官形态建成;不同浓度ABA处理下,龙眼EC中RNA甲基化相关基因的表达情况各异,其中DlVIR、DlALKBH10B和DlMTB的相对表达量受到一定的抑制作用,而DlFIP37则呈现上调表达,暗示龙眼RNA甲基化相关基因参与激素响应途径.本研究表明,龙眼RNA甲基化相关基因除了可能在叶的形成、花的发育和植株的形态建成等方面发挥重要的作用外,还可能参与调控胚胎发育和响应非生物胁迫,推测龙眼RNA甲基化相关基因成员在功能上具有差异性和多样性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林玉玲	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	148	560	10.0	16.0
2	张梓浩	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	37	72	5.0	5.0
3	徐小萍	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	25	20	3.0	3.0
4	陈晓慧	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	20	13	3.0	3.0
5	申序	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	4	0	0.0	0.0
6	王静宇	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	2	0	0.0	0.0