基于RNA-seq数据开发梨网蝽SSR引物研究

• 作者: 周健 谢瑾燕 黄大庄
• 来源期刊: 林业与生态科学
• 关键词: 梨网蝽 微卫星 转录组 SSR引物
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 页码范围: 280-285
• 页数: 6页
• 分类号: S763.35
• 语种: 中文
• DOI: 10.13320/j.cnki.hjfor.2019.0044

摘要

以梨网蝽为材料,从其转录组中筛选功能微卫星序列(EST-SSR),并进行SSR位点的信息分析,开发梨网蝽SSR引物,旨在为深入探究梨网蝽的分子结构奠定理论基础.对梨网蝽转录组中16 449条基因数据库的数据进行搜索,共找到6 641个SSR位点,分布在4 420条基因数据库中,发生频率(含有SSR位点的基因数据库与基因数据库总数之比)为26.87％.在对其各组分数量分析中,发现梨网蝽转录组中SSR的主要重复类型是单核苷酸重复,占SSR总数的40.41％;其次是三核苷酸重复,占SSR总数的22.76％.本试验共设计80对梨网蝽EST-SSR引物,其中9对引物可以扩增得到预期的条带.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄大庄	河北农业大学园林与旅游学院	176	1632	21.0	29.0
2	周健	河北农业大学园林与旅游学院	10	9	1.0	3.0
3	谢瑾燕	河北农业大学林学院	1	0	0.0	0.0