基于线粒体D-loop区和COI基因序列研究2个禾花鲤群体和野生鲤群体的遗传多样性与系统进化关系

• 作者: 叶华 周康奇 文露婷 杜雪松 林勇 潘志忠 潘贤辉 罗辉 覃俊奇 邓潜 陈忠 黄姻
• 来源期刊: 淡水渔业
• 学科: 农学
• 关键词: 线粒体DNA 禾花鲤(Procypris merus) 遗传多样性 系统进化
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 页码范围: 33-40
• 页数: 8页
• 分类号: S917.4
• 字数: 6559字
• 语种: 中文

摘要

利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、 融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系.基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927～930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4％、32.9％、14％和19.7％,A+T(66.3％)明显高于G+C(33.7％);总体的单倍型数(h)、 单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.0083;遗传分化指数(Fst)为0.22459.基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897～899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7％、28.5％、17.8％和27％,且A+T(55.2％)高于G+C(44.8％);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.00316;Fst值为0.19143.在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003～0.009和0.003～0.01,远小于种群分类水平0.05.分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54％(D-loop)和80.86％(COI)变异来自群体间变异,22.46％(D-loop)和19.14％(COI)来自群体内变异.单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象.研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性.综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象.