白皮松EST-SSR序列分布特征及引物开发

• 作者: 张军 李昕蔓 杨林夕 王磊 苏安然 苏晟 金卓颖
• 来源期刊: 林业与生态科学
• 关键词: 白皮松 转录组 EST-SSR 多态性 引物开发
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 页码范围: 266-272
• 页数: 7页
• 分类号: S791.243
• 语种: 中文
• DOI: 10.13320/j.cnki.hjfor.2019.0042

摘要

为解决白皮松分子标记资源相对匮乏的问题,对其针叶转录组测序结果进行检测分析及引物开发,结果在针叶转录组数据中共检测到精确型SSR位点3 268个以及复合型SSR位点104个,序列长度为10～27bp的短序列(2 954,93.36％)占主导地位;SSR重复单元的重复次数在4～30次之间,重复次数为9次的重复单元数量最多,所占比例最大(684,20.93％);在所有142个重复单元中,A/T所占比例最大(1 508,46.14％),其次为AT/CA(280,8.57％)和TA/TC(245,7.50％);从所设计的1 151对引物中,随机选择60对EST SSR引物,对来自不同地区的50株白皮松优树进行PCR扩增,有28对引物能扩增出清晰的条带,有效扩增率为46.67％,其中多态性引物2对,引物多态率为7.14％,多态性信息含量PIC分别为0.375、0.305.为了检验引物的多态性,又选择了7对已发表的对白皮松基因型具有多态性的SSR引物进行验证分析,结果发现,这7对引物均能扩增出清晰的条带,但对50株白皮松优树均无多态性,也侧面说明了白皮松基因序列的相对保守性.该研究结果为白皮松种质资源评价、分子标记辅助育种等方面的研究提供了参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张军	河北农业大学林学院	46	291	10.0	15.0
2	王磊	河北农业大学林学院	46	198	8.0	12.0
3	杨林夕	河北农业大学林学院	3	4	2.0	2.0
4	苏安然	河北农业大学林学院	2	2	1.0	1.0
5	李昕蔓	河北农业大学林学院	1	2	1.0	1.0
6	金卓颖	河北农业大学林学院	1	2	1.0	1.0
7	苏晟	河北农业大学林学院	1	2	1.0	1.0