应用单核苷酸多态性(SNP)标记鉴定短颌鲚、湖鲚和刀鲚

• 作者: 李晨虹 程方圆 陶紫玉
• 来源期刊: 上海海洋大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: SNP分子标记 刀鲚 短颌鲚 湖鲚 物种鉴定
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术
• 页码范围: 10-19
• 页数: 10页
• 分类号: S917
• 语种: 中文
• DOI: 10.12024/jsou.20180502318

摘要

为了快速区分长江流域各水体中的鲚属鱼类,利用单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记对短颌鲚(Coilia brachygnathus)、湖鲚(C.nasus taihuensis)和刀鲚(C.nasus)进行物种鉴定.从120个在短颌鲚和刀鲚之间分化指数(Fst)为1的SNP位点中随机挑选出20个用于引物设计,从21个在湖鲚和刀鲚之间分化指数较高的SNP位点中随机挑选出10个设计引物.随机挑20尾短颌鲚、20尾湖鲚和12尾刀鲚用设计的引物扩增、测序.结果表明:洞庭湖和鄱阳湖的短颌鲚与刀鲚可以使用以上19个SNP分子标记中的任何一个完全分开,剩下1个SNP标记在所扩增的样本中没有发现多样性变异而被弃用.用于区分湖鲚与刀鲚的10个SNP分子标记中有8个在所测样本中可以扩增并用于物种鉴定.其中单独使用Ct-Cn_wtap位点时,湖鲚和刀鲚的基因频率相差最大,当使用Ct-Cn_wtap和Ct-Cn_eif2b4位点时,对湖鲚和刀鲚的鉴别准确率可以达到100％.本研究提供了稳定、高效和低成本识别短颌鲚和刀鲚、湖鲚和刀鲚的方法,为今后鲚属鱼类的物种鉴定和资源保护提供了有效的工具.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李晨虹	上海海洋大学海洋动物系统分类与进化上海高校重点实验室	4	11	2.0	3.0
2	程方圆	上海海洋大学海洋动物系统分类与进化上海高校重点实验室	2	10	2.0	2.0
11	陶紫玉	上海海洋大学海洋动物系统分类与进化上海高校重点实验室	1	4	1.0	1.0