野生蕉不同颜色果皮miRNA表达谱及靶基因分析

• 作者: 林玉玲 程春振 赖钟雄 邓素芳
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 野生蕉 果皮 花青素 miRNA 差异表达
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 热带植物基因组学与基因编辑专题
• 页码范围: 1979-1990
• 页数: 12页
• 分类号: S686|S668.1
• 字数: 6606字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2019.10.010

摘要

本文以闽侯野生蕉(阿宽蕉,Musa itinerans)果皮为研究对象,对不同颜色(绿色和紫色)果皮进行转录组测序,旨在探讨miRNA在野生蕉不同颜色果皮转录后水平中发挥的作用及其可能参与的调控通路,为芭蕉属植物果皮颜色分子调控机制的研究奠定基础.取野生蕉同一果梳上不同颜色(紫色和绿色)的果皮为材料,利用高通量测序和生物信息学分析,获得野生蕉不同颜色果皮组织的miRNA表达谱,筛选不同颜色果皮差异表达的miRNA并预测相关靶基因,通过靶基因分析,获得与调控野生蕉果皮颜色可能相关的信号通路.结果从不同颜色野生蕉果皮中共获得34.11兆条原始读长,经过滤后得到28.73兆条clean reads,从中鉴定出132个已知的miRNA序列和122个新的miRNA;筛选出36个差异表达miRNA,其中10个在紫色果皮中上调表达,26个在绿色果皮中上调表达.表达量最高的miRNA为mit-miR167,而差异倍数最大的为mit-miR172a-3p-2.差异表达miRNA共预测出1164个靶基因可能参与野生蕉果皮颜色调控,并主要在DNA结合、离子跨膜运输活动等功能和植物病原互作等途径富集.其中,有7个基因直接与苯丙烷生物合成途径相关,主要受到miR156和miR482家族的调控.同时,选取6个差异表达miRNA进行定量验证,结果表明,3个miRNA在绿色果皮中上调表达,3个miRNA在紫色果皮中上调表达,定量结果与高通量测序的结果一致.本文通过高通量测序获得了野生蕉果皮miRNA表达谱,并通过生物信息学分析得到可能和调控野生蕉果皮颜色性状相关的miRNA和代谢通路.综上所述,野生蕉果皮颜色可能受到多种miRNA的调控,并涉及多个代谢通路,这有助于进一步了解果皮花青素转录后水平的调控过程,并对进一步的功能验证奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邓素芳	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	44	198	9.0	12.0
3	赖钟雄	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	473	4127	31.0	41.0
4	林玉玲	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	148	560	10.0	16.0
5	程春振	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	34	53	4.0	6.0