黄条鰤线粒体全基因组测序及结构特征分析

• 作者: 刘永山 史宝 姜燕 宋雪松 张言祥 徐永江 柳学周 王滨 高全义
• 来源期刊: 中国水产科学
• 关键词: 黄条鰤 线粒体基因组 序列分析 系统进化
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 405-415
• 页数: 11页
• 字数: 6080字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2019.18365

摘要

通过二代测序、软件拼接获得中国黄海海域黄条鰤(Seriola aureovittata)线粒体基因组全序列.其序列全长为16609 bp, 碱基组成分别为A(26.68%)、G(17.84%)、C(30.12%)和T(25.36%); 共有13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA 基因, 除NAD6、trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY 、trnS 、trnE 、trnP外, 其余基因均在H链上编码.黄条鰤线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为52.05%和51.085%, 具有明显的AT偏好性.线粒体基因中存在 2 个散在重复序列, 分别位于NAD1基因序列正义链的中游和COX2基因序列反义链的上游.在其22个tRNA基因中, 除了tRNAGly外, 均具有典型的三叶草二级结构.黄条鰤线粒体基因组的蛋白编码基因起止位点与密码子除COX1、NAD5外, 均与日本海域出产的黄条鰤(Seriola lalandi)完全吻合, 且COX1、NAD5基因皆短于日本黄条鰤; 两者间存在一定的遗传差异.基于 18 种隶属于 13 属的鲹科鱼类线粒体基因组全序列构建系统发生树, 可知小甘鲹(Seriolina nigrofasciata)、黄条鰤、五条鰤(Seriola quinqueradiata )、高体鰤(Seriola dumerili)、长鳍鰤(Seriola rivoliana)同属一近支, 且黄条鰤与五条鰤亲缘关系最近, 与小甘鲹进化距离较远.