南酸枣转录组SSR序列特征分析及其分子标记开发

• 作者: 丁伟 李康琴 杨春霞 谷振军 黄宝祥
• 来源期刊: 南方林业科学
• 关键词: 南酸枣 转录组 高通量测序 SSR标记
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 页码范围: 12-15
• 页数: 4页
• 分类号: S794.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.16259/j.cnki.36-1342/s.2019.03.003

摘要

为了开发南酸枣植物的微卫星分子标记,本研究基于Illumina-HiSeq 2000测序平台对南酸枣叶片和果实的转录组进行高通量测序.利用MISA软件对获得的转录组数据库进行搜索与分析,共鉴别出15 168个SSR住点,SSR住点的发生频率为25.52％,平均分布距离3.98 kb,以单核苷酸重复类型相对比例最高,占总数的62.32％,二核苷酸重复类型和三核苷酸重复类型分别占18.74％和17.47％.利用GenScript在线软件设计出150对SSR引物,以不同来源南酸枣4个无性系DNA样品对150对SSR引物进行扩增效率检验,发现有115对引物可扩增出清晰条带,其中25对引物具有多态性.本研究结果表明,利用高通量测序技术开发南酸枣SSR分子标记是一种简单而高效的途径,可为南酸枣的居群遗传多样性、遗传结构以及种质资源鉴定研究奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄宝祥		28	256	8.0	15.0
2	杨春霞		24	147	6.0	11.0
3	李康琴		16	20	2.0	4.0
4	丁伟		10	5	2.0	2.0
5	谷振军		3	1	1.0	1.0