斑点叉尾(鮰)源嗜麦芽寡养单胞菌的全基因组测序及比较基因组学

• 作者: 何晟毓 刘家星 刘韬 杨倩 汪开毓 谢恒 魏文燕
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 嗜麦芽寡养单胞菌 斑点叉尾(鮰) 全基因组测序 比较基因组学 泛基因组分析
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 页码范围: 1635-1646
• 页数: 12页
• 分类号: Q786|S941.42
• 字数: 7115字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20180811387

摘要

嗜麦芽寡养单胞菌是近年来引起斑点叉尾(鮰)暴发高致死性传染病的主要病原之一.为了对防治该病提供技术储备,本研究对嗜麦芽寡养单胞菌XH.SM.1菌株进行全基因组测序与比较基因组学分析,同时用扫描电镜观察其超微形态特征.电镜观察显示,XH.SM.1为两端钝圆的短杆状细菌,菌体平均长度(1.73±0.35)μm,平均直径(0.43±0.04) μm.全基因组测序得到XH.SM.1基因组大小为4.56 Mb,GC含量为66.60％,编码4087个基因.将基因组序列上传NCBI,得到登录号:PYBO01000001.1.通过与VFDB数据库比对,预测得到3个可信度较高的毒力基因.共线性分析结果显示XH.SM.1与10株完成图水平的嗜麦芽寡养单胞菌有较好的共线性.ARDB数据库预测和基因组岛分析,共同发现XH.SM.1基因组中含有许多耐药基因.泛基因组分析显示XH.SM.1呈现开放性(open)结果,这与嗜麦芽寡养单胞菌为环境常在的条件致病菌的表型相吻合,说明其适应环境和与外界进行遗传物质交流的能力较好.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	汪开毓	四川农业大学鱼病研究中心	270	2400	27.0	35.0
2	杨倩	四川农业大学鱼病研究中心	17	28	2.0	5.0
3	刘家星		17	3	1.0	1.0
4	魏文燕		25	18	3.0	3.0
5	刘韬	四川农业大学鱼病研究中心	21	22	2.0	4.0
6	谢恒	四川农业大学鱼病研究中心	6	2	1.0	1.0
7	何晟毓	四川农业大学鱼病研究中心	4	1	1.0	1.0