冻存器官和甲醛固定石蜡包埋组织中RNA的定量表达

• 作者: 吕叶辉 李志宏 杨智昉 胡茜 邵煜 陈忆九 陶瑞旸 黎世莹
• 来源期刊: 法医学杂志
• 学科: 政治法律
• 关键词: 法医病理学 核糖核酸 石蜡包埋 冷冻保存 反转录聚合酶链反应 核糖核酸完整性指数
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 387-392
• 页数: 6页
• 分类号: DF795.1
• 字数: 4254字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12116/j.issn.1004-5619.2019.04.001

摘要

目的 定量分析并对比冻存器官和甲醛固定石蜡包埋(formaldehyde-fixed and paraffin-embedded,FFPE)组织中核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)的表达情况.方法 选取不同死亡时间人体脑、心肌和肝组织的冻存及FFPE样本,提取并检测RNA质量浓度,运用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)技术分析各RNA指标的扩增效率及相对表达量.结果 与冻存样本相比,FFPE样本中所提取RNA的质量浓度和完整性相对较低.各RNA指标扩增效率与RNA种类及扩增产物长度有关,其中扩增产物较长的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)及β-肌动蛋白(β-actin,ACTB)扩增效率不理想,而5S核糖体RNA(5S ribosomal RNA,5S rRNA)扩增效率理想且在各组织中表达稳定,故选为内参指标.较长死亡时间的冻存样本及FFPE样本中扩增产物较长的GAPDH及ACTB表达量下降,而组织特异性微小RNA(microRNA,miRNA)以及扩增产物较短的GAPDH和ACTB在同一组织冻存和FFPE样本中表达具有一致性.结论 通过标准化RT-qPCR实验,选取合适的RNA指标及设计合适产物长度的引物,能够准确定量FFPE样本中RNA的表达水平.