辣椒苗期抗感疫病比较转录组学分析

• 作者: 乔宁 成妍 杨玉花 焦彦生 苗如意 雷阳
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 辣椒 辣椒疫病 转录组 差异表达基因 功能
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 资源环境·植物保护
• 页码范围: 194-202
• 页数: 9页
• 分类号: S641.3
• 字数: 7138字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.201751450

摘要

为了研究辣椒抗疫病分子机制,探究其与抗疫病相关的功能基因,通过对114份辣椒自然群体抗疫病鉴定,选取1份抗疫病辣椒材料和3份感疫病辣椒材料,利用Illumina RNA-seq测序平台进行高通量转录组测序,将所得高质量的序列(Clean reads)与Pepper_Zunla_1_Ref_v1.0参考基因组进行比对.结果显示,有78.95％～85.11％的Clean数据比对到唯一的基因组位点.采用RPKM法计算基因表达量,并在此基础上以FDR≤0.001和|log2 Ratio|≥1为条件筛选出2组样本间差异表达基因.通过排列前10的Gene Ontology(GO)分类可以看出,主要功能有氧化还原酶活性、碳氧裂解酶活性、过氧化物酶活性、代谢过程和逆境响应等过程.其中,有117个差异基因能归入KEGG通路,包括25个上调差异基因,92个下调差异基因.在这些通路中,包括泛素介导的蛋白水解作用、氧化磷酸化、植物激素信号转导、磷脂酶D信号通路、磷脂酰肌醇信号系统等过程.通过研究发现,辣椒抗疫病是一个高度复杂的过程,它由多个交叉通路调节,包括新陈代谢过程、防御反应、激素调节等,这为后期深入研究辣椒抗疫病分子机理奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	苗如意	山西省农业科学院蔬菜研究所	40	53	4.0	5.0
2	成妍	山西省农业科学院蔬菜研究所	29	143	7.0	11.0
3	焦彦生	山西省农业科学院蔬菜研究所	39	296	10.0	16.0
4	乔宁	山西省农业科学院蔬菜研究所	25	107	5.0	10.0
5	雷阳	山西省农业科学院蔬菜研究所	5	15	2.0	3.0
6	杨玉花	山西省农业科学院农作物品种资源研究所	2	3	1.0	1.0