濒危珍稀植物半枫荷的转录组分析

• 作者: 刘丹 刘宝 叶兴状 张国防 罗佳佳 范辉华 陈世品
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 半枫荷 转录组分析 基因注释 药用活性成分 代谢通路
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 276-286
• 页数: 11页
• 分类号: Q949.751.4
• 字数: 8441字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2019.02.014

摘要

为加强中国特有濒危植物半枫荷资源的保护与利用工作,采用高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对其进行转录组测序,将得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余,获得77 629个Unigenes,通过九大功能数据库比对、分析、注释,最终有45 293个Unigenes获得注释信息;其中在KOG按功能分为25个子类,获得25 253个功能注释信息;GO功能注释可分为细胞组分、生物学过程、分子功能3大类、分别可细分为22、26、17亚类(共65个亚类);与KEGG数据库对比,共发现286条代谢通路,其中发现可能与半枫荷药用活性成分相关的次生代谢产物生物合成的177条途径;根据组装结果预测出88个基因家族共1 547个编码转录因子的Unigenes,发现控制药效合成的转录因子家族.另外,根据注释结果检测到12 579个SNP多态位点和预测出57 671个CDS位点.本研究首次对半枫荷转录组进行分析,为深入开展半枫荷分子生物学研究提供基础数据来源.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	范辉华		62	398	11.0	17.0
2	陈世品	福建农林大学林学院	138	1122	18.0	28.0
3	张国防	福建农林大学林学院	52	562	14.0	23.0
4	刘宝	福建农林大学林学院	35	504	12.0	21.0
5	刘丹	福建农林大学林学院	14	46	4.0	6.0
6	罗佳佳	福建农林大学林学院	4	2	1.0	1.0
7	叶兴状	福建农林大学林学院	3	3	1.0	1.0