低温压力对ZF4细胞组蛋白修饰的影响

• 作者: 侯艳雯 姜蓬垒 张俊芳 时应娣 韩兵社
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 染色质免疫共沉淀 低温 斑马鱼细胞 组蛋白修饰
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 280-286
• 页数: 7页
• 分类号: S917
• 字数: 4541字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2019.18089

摘要

为探索低温压力对斑马鱼细胞组蛋白修饰的影响,建立并优化使用斑马鱼(Danio rerio)成纤维细胞ZF4进行染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)的条件.本研究分别优化了ChIP过程中裂解细胞所使用的NP-40浓度、超声破碎的时间,确定了最佳NP-40浓度为0.2％,超声时间为20 min.利用针对 β-actin启动子区域的引物,通过常规PCR初步验证ChIP实验是否成功.琼脂糖凝胶电泳结果显示,IgG组常规PCR产物基本无条带,H3K27me3组条带较暗,H3K4me3和H3K27ac组有较亮条带,初步说明实验可靠.使用正常培养(28℃)与长期低温驯化(18℃,30 d)的斑马鱼成纤维细胞ZF4作为实验材料,通过优化之后的ChIP技术进行实验.分别使用qPCR和ChIP-qPCR检测低温驯化对肿瘤坏死因子b(tumor necrosis factor b,tnfb)基因表达以及其启动子区域H3K4me3、H3K27ac、H3K27me3的影响.qPCR结果显示tnfb基因经过低温驯化后上调,而ChIP-qPCR结果显示,tnfb基因启动子区域的H3K4me3、H3K27ac富集度也出现升高,H3K27me3没有明显变化,提示低温压力可能通过影响tnfb基因启动子区域的H3K4me3、H3K27ac水平来调控tnfb基因的表达.本研究建立并优化的ChIP实验条件可以用来研究ZF4细胞组蛋白修饰变化,为下一步探索低温压力对斑马鱼细胞全基因组组蛋白修饰的影响奠定基础.