基于RAD高通量测序探讨中国85种杜鹃花属植物的分类

• 作者: 侯军亮 刘家劲 张耕耘 李世明 李云飞 段肖霞 王松波 程书 金鑫 马宏 马永鹏
• 来源期刊: 林业科学研究
• 关键词: RAD测序 杜鹃花 单核苷酸多态性 资源利用
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 页码范围: 1-8
• 页数: 8页
• 分类号: S718.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2019.03.001

摘要

[目的]探讨RAD-seq技术在中国杜鹃花复杂类群分类与物种界定方面的优势.[方法]本研究对杜鹃花属85个种进行了RAD-seq测序,评估了数据的基本特征;同时,以马缨杜鹃基因组作为参考,获得高质量SNP位点,并进一步通过ADMIXTURE、PCA、GCTA及FastTree软件对其进行基因分型、聚类与系统树构建.[结果]本研究中85份材料比对至马缨杜鹃的平均比对率87.52％,在参考基因组上的平均覆盖度为5.21％,最终获得了620 371个SNP位点.基于PCA、Structure聚类及系统发育树的分析结果,本研究支持目前在亚属水平(杜鹃亚属、常绿杜鹃亚属、马银花亚属、羊踯躅亚属、映山红亚属和长蕊杜鹃亚属)的形态学分类处理,并突出了鳞片在杜鹃属植物分类中的重要作用.[结论] RAD-seq数据产生的大量SNP位点可区分杜鹃花亚属和组内的大部分物种,说明其在复杂类群分类与物种界定方面具有可行性.