桑树NBS-LRR类基因家族的全基因组鉴定及其调控microRNAs分析

• 作者: 刘潮 唐利洲 杨云锦 褚洪龙 韩利红 高永
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 桑树 NBS-LRR 生物信息学 miRNA
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·生理生化
• 页码范围: 544-553
• 页数: 10页
• 分类号: S792.99
• 字数: 5120字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2019.03.007

摘要

利用生物信息学方法,全面分析了桑树NBS-LRR类基因家族组成、结构、进化、组织表达,并对该家族基因的调控microRNA (miRNA)进行了预测.共筛选到112个桑树NBS-LRR类基因,根据功能域主要分为NBS、CC-NBS、CC-NBS-LRR、NBS-LRR 4种类型.内含子数和相位分析结果显示,基因结构类型多样.聚类分析结果显示不同聚类组间存在较多的类型交叉现象.该家族基因存在组织表达特异性.大部分桑树NBS-LRR类基因均具有被miRNAs调控的可能性,miR472b和miR482b在调控该家族基因表达中可能发挥了主要作用.桑树NBS-LRR家族基因结构和进化的复杂性决定了其功能的多样性,miRNA在控制该家族基因表达的适应性成本中发挥作用.