利用Samtools挖掘山羊生产繁殖相关Indels标记

• 作者: 张继攀 徐恢仲 管代禄 薛蕾 赵永聚
• 来源期刊: 中国兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 山羊 重测序 全基因组 插入/缺失(Indel) Samtools
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 动物科学
• 页码范围: 349-356
• 页数: 8页
• 分类号: S814
• 语种: 中文
• DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2019.02.27

摘要

随着研究的深入,从最初认为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是导致遗传和表型多样性的主要原因,逐渐意识到插入/缺失(insertion/deletion,Indel)的普遍存在,并且与山羊生产繁殖性状密切相关.随着山羊参考基因组序列的公布及测序成本的降低,为大规模开发山羊Indels标记提供了可能.本研究就12个山羊个体(大足黑山羊,DBG,n=6;内蒙古绒山羊,IMCG,n=6)全基因组重测序结果,利用Samtools筛选群体间的差异Indels.结果 表明,12个山羊个体获得192.747 GB基因组数据,平均每个个体检测到高质量的Indels位点为334 151个;比较基因组获得2个群体特有的Indels分别为110和100个,注释基因38和30个.其中大足黑山群体特有sufu、sycp2位点和内蒙古绒山羊群体特有kdm 4c位点可能是山羊生长繁殖相关候选Indel标记,为进一步精细解析山羊生产繁殖性状遗传机理奠定基础.