基于全基因组重测序分析阿拉善双峰驼生物学特性

• 作者: 乌云高娃 包花尔 敖敦格日勒 王凤红 那仁巴图 额尔敦木图
• 来源期刊: 家畜生态学报
• 学科: 农学
• 关键词: 阿拉善双峰驼 全基因组重测序 SNPs InDels 生物学特性
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 科学研究
• 页码范围: 20-26
• 页数: 7页
• 分类号: S811.5
• 字数: 4459字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-1182.2019.08.004

摘要

此试验旨在通过研究阿拉善双峰驼基因组遗传变异信息,找到与其生物学特性相关的候选基因,以期对阿拉善双峰驼分子特征做出评价,并为双峰驼重要经济性状的功能基因定位提供基础数据.提取12头双峰驼基因组总DNA,制备基因组文库,经IlluminaHiSeqTM平台测序,利用生物信息学手段对重测序数据进行分析,对识别的SNPs和InDels进行注释.结果:共计得到367.98 Gb序列数据,平均测序深度15×,测序得到2 453 332756个reads,比对到参考基因组的reads为2 003 009 380,匹配率为81.65％;共确定了6759 037 SNPs和976 715 InDels,共计注释15 037个基因.其中与耐热性相关的候选基因是HSF1、HSPA9、HSPA4;与胰岛素相关的候选基因是EEF1A1、EEF1A12、GSK3A、GSK3B、PDX1、PAX6、PPARs和IRSs;与高血压相关的候选基因是KLK和PPARs;与耐渴性相关的候选基因是NFA T5、BGT1和AQPs.此研究基本阐明了双峰驼的遗传变异信息,从基因组层面解释了双峰驼的生物学特性,为后续分析与经济性状相关的遗传学机制、功能基因的研究和保护双峰驼品种资源提供了基因组数据,并为与经济性状相关的功能基因定位提供新的思路和线索.