阿坝藏族羌族自治州若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

• 作者: 周先坤 唐楷 李学伟 李正杰 王浥尘 秦昱疌 褚天琪 陈玉慧 马继登
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 若尔盖地区 藏猪 mtDNA D-Loop 单倍型 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 2387-2399
• 页数: 13页
• 分类号: S813.9|S828.2
• 字数: 8601字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2019.12.003

摘要

旨在通过获得和对比若尔盖地区藏猪 mtDNA D-Loop高变区的部分序列,为该地区藏猪遗传资源的保护与利用提供参考.本试验收集了若尔盖地区 9个乡镇共 80头藏猪耳组织,以甘南州藏猪 mtDNA D-Loop基因序列为模板设计引物,采用 PCR扩增测序技术获得了 80条核苷酸序列,并采用生物信息学的数据处理方法进行分析.结果表明,若尔盖地区藏猪 mtDNA D-Loop高变区(435 bp)的 A+T含量(56.46％)明显高于 G+C含量(43.54％),存在碱基偏倚性现象;在 80条长度为 435 bp的序列中,共检测到 14个变异位点,鉴定了 17个单倍型,单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样度(Pi)和平均核苷酸差异数(κ)分别为 0.881 、0.004 66和 2.028,其中 Hd 、Pi和κ在降扎乡藏猪群体中最高,Pi和κ在占哇乡藏猪中最低;共享单倍型 8个,特有单倍型 9个,且若尔盖地区不同藏猪群体间特有单倍型数差异较大,其中,降扎乡藏猪的特有单倍型数量最多,占单倍型总数的 17.65％(3/17);Hap_1和 Hap_15单倍型是 4个乡镇(降扎乡、益哇乡、热尔乡和冻列乡)群体的共享单倍型,表明这 4个乡镇藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型.若尔盖地区藏猪的平均遗传距离为 0.00466,其中降扎乡和冻列乡藏猪间的遗传距离最大为 0.006 90,包座乡和益哇乡藏猪间的遗传距离最小为 0.002 16;构建的 NJ分子系统进化树将若尔盖地区藏猪分为 2支,而加入中国地方家猪、野猪和引种猪后,若尔盖地区藏猪在进化树中比较分散,说明该地区藏猪母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多.本研究进一步证实了若尔盖地区藏猪比西藏林芝、山南、日喀则、甘孜州、阿坝州藏猪的遗传多样性程度高,受到人工选择强度低,应强化对若尔盖地区藏猪遗传资源的保护与利用.