目的 比较手足口病门诊患者疱疹液、咽拭液肠道病毒检出率及一致性,分析病例群流行病学特征.方法 以准分层随机法抽取同人疱疹液和咽拭液配对标本451人份,用实时荧光定量逆转录多聚酶链反应检测柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A group 16 strain,CVA16)、肠道病毒71型(enterovirus71,EV71)和总肠道病毒(Pan-enterovirus,EV).统计分析用卡方检验、Kappa检验、秩和检验.结果 疱疹液标本EV、CVA16、EV71阳性率为77.38%、39.47%、28.16%,咽拭液标本为64.97%、31.49%、26.39%,疱疹液检出率为高(χ2值为39.20,24.92,3.06,P值为0.000,0.000,0.077).EV71、CVA16、EV检出一致性的Kappa检验K值为0.911,0.750,0.576,P<0.001,差异有统计学意义.疱疹液、咽拭液中EV、CVA16、EV71检出率顺序,与其Kappa检验K值顺序相反.病例星期分布性别比稳定,动态趋势一致但发病不均匀,呈以星期六为顶点并递降的峰形.结论 手足口病门诊标本疱疹液优于咽拭液;病原检出率顺序与检出一致性K值顺序不一致;在一般流行病学特征下,手足口病发病星期分布可能不均并伴跨周单峰;2016年十堰市手足口病主要病原是CVA16、EV71.