利用Illumina MiSeq测序平台分析健康与腹泻食蟹猴粪样菌群

• 作者: 刘超 吕龙宝 张玉林 张飞燕 胡正飞 谢丽分 邬继文 金洁
• 来源期刊: 野生动物学报
• 关键词: 食蟹猴 肠道菌群 腹泻
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 595-601
• 页数: 7页
• 分类号: Q95-33
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-0127.2019.03.009

摘要

本试验通过对比健康与腹泻食蟹猴粪便菌群的差异,初步探讨腹泻对食蟹猴粪便菌群的影响.采集成年腹泻与健康食蟹猴粪样各6份,用细菌16 Sr DNA通用引物扩增V3—V4区,采用Illumina MiSeq测序平台对食蟹猴粪便微生物进行研究.结果表明,Alpha多样性指数分析,健康组与腹泻组的微生物多样性指数(Shannon、Simpson)差异不显著,群落丰富度指数(Chao、Ace)差异显著.PCA主成分分析,健康组与腹泻组粪便菌群具有明显的差异.通过对健康组与腹泻组物种菌群组成分析,运用MetaStat方法分析,与健康组相比,腹泻组的芽孢杆菌纲、 乳酸杆菌目、 乳酸杆菌属含量显著降低(P<0.05),腹泻组Subdoligranulum属显著升高(P<0.05).LEfSe(LDA Effect Size)分析(LDA阈值为1),乳杆菌目,芽孢杆菌纲,乳杆菌科,乳酸杆菌属在健康组中显著富集,弯曲杆菌科,弯曲杆菌属在腹泻组显著富集.与健康食蟹猴相比,腹泻食蟹猴微生物区系中的一些菌群发生变化,菌群结构有差异但不显著(P>0.05),腹泻食蟹猴菌群结构有简单化的趋势.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张玉林	中国科学院昆明动物研究所	17	23	3.0	4.0
2	刘超	中国科学院昆明动物研究所	128	874	18.0	25.0
3	吕龙宝	中国科学院昆明动物研究所	37	95	5.0	9.0
4	张飞燕	中国科学院昆明动物研究所	10	12	2.0	3.0
5	金洁	中国科学院昆明动物研究所	10	13	2.0	3.0
6	胡正飞	中国科学院昆明动物研究所	13	11	1.0	3.0
7	邬继文	中国科学院昆明动物研究所	11	9	1.0	2.0
8	谢丽分	中国科学院昆明动物研究所	4	2	1.0	1.0