杨梅基因组SSR引物的开发与应用

• 作者: 任海英 张淑文 戚行江 朱婷婷 梁森苗 郑锡良
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 杨梅 基因组 SSR
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 149-156
• 页数: 8页
• 分类号: S667.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0233

摘要

基于杨梅(Myrica rubar Sieb.et Zucc.)基因组序列信息,研究了1 431条scaffold中SSR位点的分布特点.共发掘到二至六核苷酸SSR位点43 842个,分布在623条scaffold中,共有194种重复单元.二核苷酸SSR位点有36 383个,占总SSR的82.99％;AG/CT的出现频率最高,为55.70％,占总SSR位点的46.23％.三核苷酸SSR位点有6 115个,占总SSR的13.95％.四核苷酸SSR位点有827个,占1.89％.五核苷酸SSR位点为245个,占0.56％.六核苷酸SSR位点为272个,占0.62％.设计合成了59对基因组SSR引物,多态性分析显示,高度多态性引物26对,中度多态性引物为33对;将其应用于杨梅优株早鲜856及其他13个主栽品种的聚类分析,结果表明,上述引物在相似系数0.56处将14份杨梅材料分为两个群体,早鲜856与其他13个主栽品种在DNA水平上均存在差异,且与对照品种‘早色’的相似系数为0.86.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑锡良	浙江省农业科学院园艺研究所	101	449	11.0	16.0
2	戚行江	浙江省农业科学院园艺研究所	151	970	15.0	24.0
6	梁森苗	浙江省农业科学院园艺研究所	133	485	11.0	15.0
7	任海英	浙江省农业科学院园艺研究所	80	395	10.0	16.0
8	张淑文	浙江省农业科学院园艺研究所	30	46	4.0	5.0
9	朱婷婷	浙江省农业科学院园艺研究所	12	22	3.0	4.0