凡纳滨对虾低温差异表达miRNA的分析鉴定及靶基因的验证

• 作者: 何苹萍 卓晓菲 彭金霞 陈晓汉 韦嫔媛
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 凡纳滨对虾 低温胁迫 miRNA 靶基因 荧光定量RT-PCR
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 页码范围: 1203-1209
• 页数: 7页
• 分类号: Q173
• 字数: 4004字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7541/2019.142

摘要

为了解析miRNA及靶基因在凡纳滨对虾低温适应过程中的分子调控机制,研究开展了凡纳滨对虾常温(28℃)及低温锻炼(16℃,6d)下肝胰腺小RNA文库的测序和分析.从常温对虾的小RNA文库测序获得18—32 nt的高质量序列10690259条,鉴定出已知的成熟miRNAs 57条;而从低温锻炼对虾的小RNA文库获得18—32 nt的高质量序列序列8587144条,鉴定出已知的成熟miRNAs 48条.分析获得25个在低温锻炼下呈显著差异表达的miRNAs.运用qRT-PCR验证了3条低温下差异极显著的miRNAs的表达模式.结果显示,3条miRNAs的表达模式与高通量测序结果基本一致.预测低温差异表达miRNAs的靶基因,并与转录组分析获得的低温显著差异表达基因进行比对,从二者重合的基因集中挑选出4个基因,即nuclear export mediator factor Nemf-lik、synapse-associated protein、seleno proteins以及DEAD-box RNA helicase Variant 1,运用qRT-PCR验证其在不同条件低温锻炼凡纳滨对虾肝胰腺中的表达规律,为解析miRNAs及其靶基因在对虾低温适应过程中的分子调控机制提供了基础数据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈晓汉	广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室	13	118	6.0	10.0
2	彭金霞	广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室	5	41	3.0	5.0
3	卓晓菲	广西大学动物科学技术学院	1	0	0.0	0.0
4	何苹萍	广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室	2	0	0.0	0.0
5	韦嫔媛	广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室	2	5	1.0	2.0