基于生物信息学的胃癌特征基因网络关键节点及预后关联分析

• 作者: 刘宇佳 张轶雯 李晶晶 李莉 胡晓平 钟里科 黄萍
• 来源期刊: 中国临床药理学与治疗学
• 关键词: 胃癌 生物信息学 差异基因 PPI网络 基因功能富集及注释
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 852-859
• 页数: 8页
• 分类号: R965.2|R573|R963
• 语种: 中文
• DOI: 10.12092/j.issn.1009-2501.2019.08.002

摘要

目的:本研究旨在利用生物信息学筛选胃癌的特征基因,探索胃癌的恶性机制.方法:通过GEO数据库筛选胃癌相关基因芯片作为训练集,并利用GEO2 R工具分析胃癌组织相较于正常组织的差异基因,进而在验证集患者中对所筛选基因进行验证;采用String数据库计算其蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络.根据Cytoscape软件的Centiscape等插件分析PPI网络中的关键节点,分析蛋白相互作用相关性;并利用DAVID数据库对差异基因和PPI关键模块基因进行基因功能富集及注释.随后对关键节点基因进行生存分析.结果:所筛选出的63个特征差异基因对胃癌与正常组织区分度良好,主要参与调控细胞外基质受体相互作用、PI3 K-AKT信号通路等.PPI网络中关键节点调控肿瘤增殖、转移.对关键节点基因进行生存性分析发现,ITGB1、COL1A2表达高的患者,其生存率远低于低表达患者(P<0.05).结论:本文可为寻找胃癌发生发展的关键基因,探索胃癌治疗新靶点提供一定的理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄萍	浙江省肿瘤医院药剂科	28	22	3.0	4.0
3	钟里科	浙江省肿瘤医院药剂科	11	15	3.0	3.0
4	刘宇佳	浙江省肿瘤医院药剂科	2	0	0.0	0.0
6	李晶晶	浙江省肿瘤医院腹部内科	3	0	0.0	0.0
9	李莉		1	0	0.0	0.0
10	胡晓平	浙江省肿瘤医院药剂科	2	0	0.0	0.0