宏基因组学二代测序技术在输入性疟疾诊断中的应用

• 作者: 吕燕宁 孙玉兰 李仁清 王全意 王小梅 窦相峰
• 来源期刊: 中国寄生虫学与寄生虫病杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 恶性疟原虫 混合感染 输入性疟疾 宏基因组学二代测序
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 727-729
• 页数: 3页
• 分类号: R531.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.12140/j.issn.1000-7423.2019.06.021

摘要

通过对1例自非洲输入的疟疾病例血液样本进行宏基因组二代测序(mNGS)检测,探讨mNGS在实验室检测疟疾上的可行性.采集患者外周血,制备厚、薄血膜,显微镜观察疟原虫感染情况.提取患者全血样本核酸,进行疟原虫核酸实时荧光PCR检测.将提取的患者全血样本核酸同步构建文库,采用Illumina Miseq二代测序仪进行mNGS检测.采用Megan6软件分析测序数据及重叠群序列的BLASTn比对结果,分配模式为对齐碱基模式.镜检结果显示,患者为恶性疟原虫和三日疟原虫混合感染,其中恶性疟原虫密度≥100000/μl,三日疟原虫密度≥300/μ1.实时荧光PCR检测结果显示,恶性疟原虫核酸阳性,间日疟、三日疟和卵形疟原虫核酸均为阴性.mNGS获得了271 526条测序数据,其中合格序列有254 674条.剔除与人类参考基因组匹配的序列后,最终得到1 833条测序数据,其中非人源数据只占总合格数据的0.7％.将上述序列拼接后,获得408条100个核苷酸以上长度的重叠群数据.Megan6分析结果显示,恶性疟原虫的测序数据分别占到总对齐碱基的44.7％(29 667/66 374),其重叠群数据占重叠群总对齐碱基的34.5％ (22 885/66 376),因此恶性疟原虫是最优势的病原微生物.基于测序数据和重叠群数据,该病原可溯源到恶性疟原虫标准株3D7.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王全意	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心	250	1904	20.0	29.0
2	王小梅	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心	28	153	8.0	10.0
3	李仁清	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心	8	42	3.0	6.0
4	窦相峰	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心	46	278	9.0	15.0
5	吕燕宁	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心	22	58	5.0	7.0
6	孙玉兰	北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心	12	10	2.0	3.0