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基于石榴全基因组序列的SSR标记开发及鉴定
基于石榴全基因组序列的SSR标记开发及鉴定
作者:
刘康佳
宗世祥
毕润霞
洪文娟
王君
罗华
苑兆和
郝兆祥
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
石榴
基因组
SSR
标记开发
多态性
摘要:
[目的]利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点.[方法]本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1~6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性.[结果](1)石榴基因组中共检测到146445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性.(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10~252 bp,平均长度15.48 bp.不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势.(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007~0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.9333个等位基因.[结论]利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物.相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源.
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基因组
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多态性
内容分析
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内容分析
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关键词热度
相关文献总数
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(/年)
文献信息
篇名
基于石榴全基因组序列的SSR标记开发及鉴定
来源期刊
北京林业大学学报
学科
农学
关键词
石榴
基因组
SSR
标记开发
多态性
年,卷(期)
2019,(8)
所属期刊栏目
林学
研究方向
页码范围
38-47
页数
10页
分类号
S665.4|Q943.2
字数
语种
中文
DOI
10.13332/j.1000-1522.20190167
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
宗世祥
北京林业大学林学院
111
1203
19.0
27.0
2
罗华
14
45
4.0
5.0
3
毕润霞
6
34
3.0
5.0
4
郝兆祥
19
96
6.0
8.0
5
苑兆和
南京林业大学林学院
18
63
5.0
7.0
6
洪文娟
北京林业大学林木育种国家工程实验室林木花卉遗传育种教育部重点实验室
1
0
0.0
0.0
10
刘康佳
北京林业大学林学院
1
0
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传播情况
被引次数趋势
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引文网络
引文网络
二级参考文献
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共引文献
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参考文献
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节点文献
引证文献
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研究主题发展历程
节点文献
石榴
基因组
SSR
标记开发
多态性
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
北京林业大学学报
主办单位:
北京林业大学
出版周期:
月刊
ISSN:
1000-1522
CN:
11-1932/S
开本:
大16开
出版地:
北京市海淀区清华东路35号
邮发代号:
18-91
创刊时间:
1979
语种:
chi
出版文献量(篇)
3848
总下载数(次)
8
总被引数(次)
70613
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北京林业大学学报2019年第6期
北京林业大学学报2019年第5期
北京林业大学学报2019年第4期
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北京林业大学学报2019年第10期
北京林业大学学报2019年第1期
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