茶树CsNRT1.1基因密码子使用特性分析

• 作者: 万青 李欢 李荣林 杨亦扬 王枫 胡振民
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 茶树 密码子 偏好性 硝态氮 CsNRT1.1基因
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 896-903
• 页数: 8页
• 分类号: S571.101
• 字数: 5770字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2019.04.021

摘要

运用CUSP、Condow等程序对茶树CsNRT1.1基因、茶树基因组及不同物种NRT1.1基因进行密码子使用特性分析,并比较了CsNRT1.1基因与不同模式物种密码子使用偏好性差异.结果显示,茶树CsNRT1.1基因编码区偏好使用A/U,密码子结尾偏好使用G/C,RSCU值>1的偏好性密码子有26个,其中偏好性较强的只有AGG(RSCU>2),并偏好以G/C结尾;CsNRT1.1基因和茶树基因组中密码子偏好性存在差异,共计25个密码子使用偏好性存在明显差异,5个氨基酸密码子偏好性完全一致;CsNRT1.1等少数NRT1.1基因的ENc值较高,CAI、CBI值较低,说明其密码子使用偏好性较低,同时基因表达水平可能较低;CsNRT1.1基因与双子叶植物拟南芥、烟草及酵母菌密码子偏好性差异较小;对NRT1.1基因基于编码基因序列(CDS)组成和基于密码子偏性的聚类分析结果存在一定差异,但在一定程度上都能反映物种间的亲缘关系.